Debido fundamentalmente al avance edilicio, no quedan actualmente dentro del ámbito urbano especies animales o vegetales autóctonas ; con excepción de algunas aves como el hornero; la flora y la fauna que hoy se observa en la ciudad, son producto del accionar del hombre; y sólo mediante los relatos de viajeros y cronistas y el interés de algunos estudiosos, puede reconstruirse la composición de las comunidades bióticas que existían primitivamente, y que formaban parte de la selva marginal ribereña que, avanzando desde la zona del Delta del Paraná, se prolonga hasta aproximadamente Punta Lara.

Algunos de sus ejemplares arbustivos y de helechos pueden verse sobre las paredes de viejas edificaciones, como un desafio a la urbanización .

A finales del siglo XVI desde Punta Indio hasta el Riachuelo de Barracas, se prolongaba un monte ribereño natural en casi toda la costa, zona de bañados y pantanos. La vegetación de la época prehispánica era muy poco variada y se componía principalmente de ceibos, sauces colorados, sarandíes negros, juncos, cañas, duraznillos blancos, tan característicos de las zonas húmedas.

Hacia 1880 el monte natural había sobrevivido en algunas zonas, pero ya en 1920, con la influencia del turismo en la ribera quilmeña, existían sólo unos 100 metros entre las vías del tranvía y la lengua de agua. Hoy sólo se conserva un vestigio de este monte en una reducida porción de la costa de Punta Lara.

En la laguna de Chascomús posee una flora compuesta por repollitos de agua, lentejas de agua, cola de zorro, totoras, juncos y camalotes 

En la flora de la Laguna de Lobos  se destaca el Junco (Schoenoplectus californicus), que sirve como protector de la costa y lugar de nidificación de aves, depósito de huevas de peces y refugio de mamíferos.

En la laguna de San Miguel del Monte dada la fertilidad del terreno, ha sido históricamente alterado en forma intensiva, especialmente por la agricultura, y la ganadería.

Son muy escasos los sectores no afectados, que mantienen aún su vegetación prístina, generalmente junto a vías férreas o caminos, por lo que la real composición de la vegetación en muchas áreas sólo fue posible definirla con cierto grado de conjetura, siendo imposible aseguran que aún en los relictos se observe fielmente la vegetación pampeana original. Los sectores agropecuariamente más marginales, por poseer suelos de inferior calidad, salobres, o inundables, han sido comparativamente menos modificados.