La pesca en esta provincia, como en la mayoría de las zonas de montaña, se divide en pesca de lago o embalse y de río o arroyo. La primera, que corresponde a todos los lagos originados por otros tantos diques ha dado lugar a un desarrollo vertiginoso de la infraestructura de apoyo, con embarcaderos, botes, muelles, venta de artículos deportivos junto con elementos para los deportes náuticos.

Los lagos más importante son los de Ullum, a 18 Km . de la capital y Los Cauquenes, en Jáchal , ambos ofrecen muy buenas posibilidades de pesca de pejerreyes de hasta 2 Kg . y de bagres amarillos (Pimelodus clarias) de hasta 3 Kg ., especie que ha sido introsucida hace relativamente poco tiempo y que configura por sí sola un atractivo, por la alta calidad de su carne, desprovista del clásico "sabor a barro" que suele ofrecer en el Río de la Plata , su lugar de origen.

La pesca en ríos y arroyos está representada principalmente por los salmónidos. De ellos el más común es la trucha arco iris y los ríos más indicados son el San Juan y el Castaño.

Cabe señalar que existe una reserva de pesca, única quizás en su género, a cargo del Club de Caza y Pesca de San Juan y que comprende tramos de ríos Los Patos y Blanco hasta sus respectivas nacientes, divididos en sectores. Los interesados en pescar deberán obtener el permiso provincial de pesca y luego el derecho a ingresar en el coto. Únicamente se pesca con equipos de spinning o de mosca y está absolutamente prohibida la utilización de todo tipo de carnada natural. El coto se administra en forma similar a la de los cotos de pesca europeos y el pescador deberá registrar la entrada y salida del lugar. El refugio Las Hornillas contiene los servicios básicos de los refugios de alta montaña.